ISTEC-CNR nasce nel 1965 a Faenza, definita, per tradizione culturale, Città delle Ceramiche. Proprio all’interno dell'Istituto Statale d'Arte per la Ceramica, nel 1965, ha origine la storia dell'attuale ISTEC-CNR, come Gruppo di Ricerca, sotto la direzione del fondatore, il Dr. Tonito Emiliani, al tempo anche Direttore dell’Istituto d’Arte per la Ceramica. Nel 1970 il Dr. Emiliani condusse l’espansione del Gruppo di Ricerca a Centro di Ricerca. Nel 1975 il Centro di Ricerca fu ampliato a Laboratorio cui fu assegnata una sede propria, parte di quella attuale. Nel 1980 il Laboratorio fu trasformato in Istituto, denominato Istituto di Ricerche Tecnologiche per la Ceramica - IRTEC, nome che è rimasto fino al completamento della riforma del CNR, all'inizio del 2002.

Nel 2002 l’Istituto, a seguito della riforma del CNR, è diventato “Istituto di Scienza e Tecnologia dei materiali Ceramici”.

Sulla base delle esigenze iniziali, l'Istituto fu indirizzato allo studio dei ceramici tradizionali. Nel proprio processo di crescita, recependo il modificarsi degli interessi scientifici a livello internazionale e, tenuto conto della situazione nazionale, ha destinato sempre crescenti risorse al settore dei ceramici avanzati.

Dal 2005 al 2012, a seguito della riforma e strutturazione dipartimentale del CNR, ISTEC-CNR ha afferito al Dipartimento “Sistemi di Produzione”, partecipando anche con propri gruppi di ricerca ai Dipartimenti di "Medicina" ed "Energia e Trasporti".

A seguito dell'entrata in vigore del nuovo Statuto del CNR in data 1 maggio 2011, nelle more della definizione dei Dipartimenti, ISTEC afferisce in via provvisoria al Dipartimento di Scienze Chimiche e Tecnologie dei Materiali.